O parlamentar é investigado desde o início da operação, deflagrada em novembro de 2013, que desbaratou um suposto esquema criminoso de desvio de dinheiro público, por meio de fraude em licitação no âmbito das compras realizadas pelo Poder Legislativo da Capital. O vereador é acusado de participar, também, de um esquema de falsificação de documentos de terrenos e áreas.
Além de João Emanuel, outras três pessoas também tiveram os mandados de prisão expedidos pela Justiça e que estão sendo cumpridas neste momento.
