De acordo com a publicação, o governo Lula repassou R$ 1,1 bilhão em cinco anos para essas fundações. Boa parte desses recursos tem como finalidade apoiar a pesquisa ou o desenvolvimento de atividades acadêmicas, mas, a exemplo do caso envolvendo a Finatec, existem indícios de desvios e irregularidades.
Há casos em que fundações são contratadas pelo governo sem licitação para prestar serviços que poderiam ser contratados por concorrência no mercado.
Em 2007, as entidades atingiram seu recorde de captação de recursos federais: R$ 355,3 milhões. Em 2003, o montante era de R$ 150,6 milhões (corrigidos).