O deputado federal e presidente do Partido Popular Socialista, Roberto Freire decidiu pela desfiliação de Blairo Maggi. Maggi é o governador reeleito do Estado do Mato Grosso e anunciou apoio à candidatura do presidente Luiz Inácio Lula da Silva (PT), contrariando a direção do partido, que apóia a candidatura à Presidência de Geraldo Alckmin (PSDB). Freire recebeu uma carta do governador que propunha duas opções ao partido: seu afastamento temporário ou a desfiliação. O presidente do PPS afirmou que, embora o conteúdo da carta tenha sido respeitoso, decidiu pela segunda opção.
Freire afirma que lamenta o episódio mas a permanência de Maggi no PPS ficou inviabilizada. Para lideranças do PSDB, como o vice-governador eleito de São Paulo, Alberto Goldman, Lula “comprou” o apoio de Alckmin ao prometer apoio de R$ 1 bilhão ao Mato Grosso. Maggi defendeu-se das acusações de Goldman e disse que seu voto não foi condicionado à verba liberada pelo presidente, somente a confirmação do voto que fez tanto nas eleições de 2002 quanto no primeiro turno.